با انقراض دولت صفوي، د ر حمايت پيشين از محافل فقه امامي برداشته شد و اين محافل به زودي خود را از افت و خيزهاي سياسي به دور كشيدند. قدرتهاي سياسي ايران پس از عصر صفويان، در دوره افغانها به سبب تعلق آنان به اهل سنت و در دوره افشاريه و زنديه به سبب تعلق آنان به حكومت غير ديني، نسبت محافل فقه امامي، كم توجهي نشان دادند و حاصل اين برخورد ، ضعف مطالعات نظري در فقه و قوت يافتن گرايشهاي اخباري بود.

در ميانه سده 12ق/18م، به عنوان تحولي دروني در محافل اخباري، عالماني معتدل از اين گروه به عرصه فقه اماميه گام نهادند كه خود صاحب نظريه‌اي اصولي بودند و در برخوردي منصفانه، برخي از روشهاي اصولي را پذيرا گشتند. از نتايج اين حركت كه هم در ايران و هم در بحرين دامنه‌اي يافته بود، بايد از آثاري چون شرح وافيه از صدرالدين همداني ياد كرد و همين حركت، زمينه لازم را فراهم ساخت تا در اواخر آن سده ، وحيد بهبهاني (د1205ق/1791م) ، فقه اصوليه را در محافل امامي، جاني دوباره بخشد.

سلسله قاجار كه از 1193ق/1779م در ايران پاي گرفت، اگرچه خود تلاش داشت كه به عنوان جانشين سلسلة صفويه شناخته گردد، اما دست كم در برابر جايگاه دين و فقه درجامعه، برخوردي متفاوت از خود نشان مي‌داد. آنچه دوره قاجار را براي انگيزش يك تحول در فقه اماميه مناسب مي‌ساخت، دست كم وجود يك دولت شيعي با ثبات بود. به هر حال، درنيمه نخست سده 13ق/ 19م، جريان اصولي نو پس از وحيد بهبهاني ، از سوي كساني چون شيخ جعفر كاشف الغطا و ملا احمد نراقي در عراق و ايران پي گرفته شد. اما حلقه پيوند اساسي ميان فقه اين جريان اصولي با فقه يك و نيم سده‌ي اخير، شيخ مرتضي انصاري (د1281ق/1864م)، عالم برجسته‌ي ايراني بود كه با گسترش دادن اصول فقه در بعد اصول عمليه، فقه اصولي اماميه را چهره‌اي نو بخشيد و بر فقه امامي پس از خود تا عصر حاضر تاثيري عميق بر جاي نهاد.

در سده‌هاي اخير، نجف براي مدتها به عنوان مهم‌ترين پايگاه فقه امامي شناخته شده بوده است، اما بايد توجه داشت كه بسياري از عالمان اين حوزه، همچون شيخ انصاري، آخوند خراساني، سيد محمد كاظم طباطبايي، ميرزاي شرازي، ميرزاي ناييني، آقا ضياءالدين عراقي، سيد ابوالحسن اصفهاني، ميرزا حسن بجنوردي، سيد ابوالقاسم خويي و امام خميني عالماني با خاستگاه ايراني بوده‌اند. همراه با حوزه‌ي نجف، حوزه‌هايي با اهميت محدودتر در درون ايران وجود داشته‌اند كه از آن ميان حوزه‌هاي اصفهان ، مشهد و تبريز در خور توجهند. حوزه‌ي قم از نيمه نخست سده 14ق توسط شيخ عبدالكريم حائري اهميت يافت و به تدريج به عنوان مهم‌ترين حوزه‌ي فقه امامي در ايران و تنها رقيب حوزه نجف مطرح گرديد.

در طول سده‌هاي متأخر، جممعيتي از پيروان اهل سنت از دو مذهب حنفي و شافعي در بخشهايي از ايران وجود داشته‌اند؛ از آن ميان، پيروان مذهب حنفي در بخشهاي شرقي ايران، به خصوص بلوچستان، تركمن صحرا و مناطقي از خراسان، و پيروان مذهب شافعي در بخشهاي غربي ايران، به خصوص كردستان و مناطقي از آذربايجان و گيلان حضور دارند.